No seu Mac, você tem um monte de aplicativos: Safari, Microsoft Word, Address Book, o que você tem. Cada uma dessas aplicações pode abrir qualquer número de janelas: você pode ter uma janela aberta no Safari onde você está lendo este site, outra onde você está verificando as notícias em link e assim por diante. Ao mesmo tempo, você pode estar editando seu currículo no Microsoft Word em uma janela e escrevendo um memorando em outro.
A metade esquerda do Dock é onde os aplicativos ficam. A bússola no seu Dock é o Safari; uma luz embaixo significa que está correndo. Como eu disse, o Safari pode abrir várias janelas - uma no superusuário, uma na BBC e assim por diante -, mas cada uma dessas janelas é gerenciada pelo próprio Safari. Se você usar o botão amarelo , a janela será minimizada : ela será efetivamente liofilizada e colocada à direita do seu Dock. Se você usar o botão red , a janela é fechada : ela é removida e o aplicativo esquece tudo sobre ela. No entanto, em ambos os casos, o aplicativo ainda estará em execução: embora não tenha que se preocupar com o gerenciamento do superusuário, ele ainda terá que gerenciar a página com as notícias da BBC. E se você fechar todas as janelas, o aplicativo ainda estará aberto, caso você queira abrir uma nova janela ou fazer outra coisa com ela.
Basicamente, o Mac é baseado em aplicativos, com cada aplicativo contendo várias janelas. O PC, por outro lado, é baseado em janelas, e cada janela normalmente corresponde a um aplicativo. Esta pode ser a fonte da sua confusão.