Bem, você deve ter um usuário secundário diferente de root no sistema para efetuar login. Espero que o usuário esteja no arquivo sudoers e tenha permissões de root ou faça parte do grupo wheel?
Se os critérios acima forem atendidos, você pode fazer o seguinte no terminal:
sudo vim /etc/pam.d/gdm
Em seguida, comente esta linha:
#auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
Em seguida, abra este arquivo:
sudo vim /etc/pam.d/gdm-password
Em seguida, comente a seguinte linha (igual à acima):
#auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
Efetue logout dessa conta e faça o login como root usando a opção "Other". Você receberá um alerta demorado sobre como não é seguro usar a conta root, basta fechar e você está dentro!