Você pode usar o comando trap
para isso. Pegar SIGINT
com ele e Ctrl + C não prejudicam sua execução de comando. Em seguida, redefina o trap para as configurações padrão.
Isso deve funcionar:
#!/bin/bash
while true; do
slow-command-one;
trap "echo Proceeding to command three" SIGINT;
slow-command-two;
trap - SIGINT;
slow-command-three;
done