Como estou constantemente acessando essa página ao procurar uma solução, pensei em postar uma atualização que parece funcionar como um charme no Visual Studio 2010 e 2013. A Wacom apresentou uma nova opção em seu driver que permite para desabilitar o Windows Ink para a entrada da caneta. O driver My (Bamboo) é 5.3.3-3, e a opção pode ser encontrada em Preferências Wacom, em Pen - > Mapeamento - > "Use o Windows Ink" (canto inferior esquerdo, desative a caixa de seleção e pronto).
O crédito para esta solução vai para o viziblr: link