Parece que você gerou um novo arquivo de biblioteca do iTunes porque as listas de reprodução fazem parte da biblioteca. Se a sua pasta de músicas e a biblioteca do iTunes estiverem em dois locais diferentes, isso pode causar confusão ao configurar o iTunes no seu novo computador.
Já tentou abrir a biblioteca antes da atualização, mantendo pressionada a opção ao iniciar o iTunes? Isso solicitará que você escolha o local do seu arquivo de biblioteca original.