Eu estou supondo que a configuração dos compartilhamentos não é particularmente complexa (talvez apenas compartilhar para público ou quem quer que seja, e você provavelmente está compartilhando a raiz de cada drive USB).
Minha primeira sugestão seria que você escrevesse um script PowerShell ou até mesmo um arquivo em lote usando "net share", que poderia recriar rapidamente os compartilhamentos do zero quando necessário.
Minha segunda sugestão seria criar uma pasta em nossa unidade C, compartilhar apenas essa pasta e usar os pontos de junção para redirecionar para as outras unidades:
c: \ mount
c: \ mount \ usb01
c: \ mount \ usb02
c: \ mount \ usb03
c: \ mount \ usb04
...
c: \ mount \ usb08
Os pontos Usb01 a 08 apontam para os seus vários drives USB.
Compartilhe a pasta c: \ mount como "mount", ou o que quer que seja, e você está aí. Se uma das unidades USB estiver off-line por algum motivo e alguém tentar acessá-la, elas receberão algum tipo de erro ou talvez não vejam arquivos. Eu acho que. Eu nunca tentei isso com drives USB, mas funciona com drives SATA. Se funcionar, você não precisará do registro que você mencionou; o serviço de arquivos pode ser iniciado quando deveria, porque não estará tentando compartilhar algo que não possa ver (ainda).