Você pode usar algo como o Adobe Audition para editar o espaço de freqüência e remover o bipe. Isso permite que você edite no nível de frequência para que você possa silenciar apenas a parte do espectro em que o sinal sonoro está ativo.
Você está usando o microfone embutido? Se assim for, eu suspeito que o bipe está vindo do seu disco rígido e um layout de placa-mãe mal projetado. Você pode obter um dispositivo de áudio USB, até mesmo um dos pequenos dispositivos "gumstick". Isso isolará o áudio da parte eletrônica do computador e fará com que ele desapareça.