Eu fiz uma atualização padrão aqui no trabalho (do Vista Ultimate para o Windows 7 Business) e não tive literalmente nenhum problema. Evidentemente, fiz muita lição de casa primeiro, incluindo a execução do conselheiro de compatibilidade.
A outra faceta importante disso é que o build do Vista na minha máquina foi uma instalação limpa. (A caixa fornecida com 32 bits, eu reformatei e instalei 64. Naturalmente, minha queda do Windows 7 também é de 64 bits.)
Para dar uma indicação do nível de insanidade da aplicação nesta máquina, sou um desenvolvedor. Office 2007, SQL Server 2008 Express, Visual Studio 2005 e 2008 (Team Edition para 2008, Pro para 2005), o SQL Client Tools, quatro navegadores diferentes + IETester, e uma infinidade de aplicativos menores. Nenhum teve problemas.
Eu diria que, no geral, a menos que a sua máquina tenha um enema de qualquer maneira, vá em frente e faça a atualização ao passar do Vista para o 7. Liso e indolor.