O atalho para a linha de comando executa literalmente cmd.exe e nada mais.
Se você deseja executar um arquivo batchfile ao abrir o cmd, localize o atalho do Prompt de Comando no menu Iniciar e clique com o botão direito do mouse / propriedades.
Você verá
%windir%\system32\cmd.exe
Altere isso para
%windir%\system32\cmd.exe /k c:\path\to\batch\file.bat
Substitua o local do arquivo pelo seu arquivo.
Quando você executa o CMD, ele executa o arquivo em lote. Normalmente, o processo sai assim que o arquivo de lote é concluído, mas a opção /k
o mantém aberto para uso.