Você pode fazer algo não totalmente diferente:
(cd some/where; ls -lR) > somewhere.txt
(cd else/where; ls -lR) > elsewhere.txt
diff somewhere.txt elsewhere.txt
Eu não tentei isso, isso depende dos metadados do arquivo (datas etc) serem preservados ( cp -p ... ) e dos nomes de arquivos de classificação ls na mesma ordem (que deveria).