Ferramentas modernas tornam isso surpreendentemente fácil, se os dois arquivos tiverem a mesma duração de reprodução:
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No PowerPoint 2013, diga Arquivo > Exportar > Crie um vídeo para cada versão da apresentação. (O PP2010 também pode fazer isso.)
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Abra um deles no Photoshop CS6 ou superior. Ele aparecerá em uma camada, em um grupo de vídeos.
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No painel Camadas, adicione outro grupo no menu do painel.
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Na Linha de tempo, clique no ícone da pequena tira de filme e diga Adicionar mídia, o que permitirá que você selecione o arquivo de vídeo da segunda apresentação. Ele será adicionado ao grupo de camadas que você acabou de criar.
Usando dois grupos separados em vez de colocar os dois arquivos de vídeo no mesmo grupo, você pode empilhá-los na linha do tempo para que eles sejam reproduzidos simultaneamente. Arquivos de vídeo dentro do mesmo grupo são reproduzidos um após o outro, o que não é o que queremos.
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De volta ao painel Camadas, altere o modo de mesclagem do grupo de vídeo superior de Normal para Diferença. Isso subtrai seus valores de pixel daquele do grupo inferior.
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Reproduza o vídeo diretamente na linha do tempo. Se ficar preto durante todo o tempo, as duas apresentações são idênticas. Onde eles diferem, você terá uma espécie de imagem inversa das diferenças.
Você pode fazer praticamente a mesma coisa no After Effects e provavelmente em muitos pacotes de edição de vídeo.
Eu escolhi esse caminho porque o Photoshop é comumente encontrado em muitos dos mesmos lugares em que o PowerPoint é, e ele mostra os recursos de edição de vídeo que (CS6) fizeram recentemente da versão estendida do Photoshop ($$$) para a versão regular ($$).