Eu tive problemas semelhantes com o vmware e o Ubuntu 8.10. Desde então, atualizei o vmware e o sistema operacional. Eu estou supondo que o novo mixer de áudio pode lidar com a entrada da máquina virtual mais graciosamente.
Eu sugeriria a atualização para o Ubuntu 9.10. Se isso sozinho não resolver o problema, talvez atualizar o Virtual Box ajudaria.