Embora seja bem possível designar uma pasta ou unidade específica durante a instalação de um programa, estou pensando que você está percebendo o comportamento padrão da maioria dos instaladores. O que está acontecendo é que o instalador estará procurando a localização padrão da pasta 'arquivos de programas' que é localizada no C :. Há também outros locais comuns, como a pasta de dados do usuário e a pasta 'meus documentos' real que esses instaladores estão procurando.
A instalação em qualquer lugar, exceto na pasta do arquivo de programas, pode causar alguns problemas. Os drivers podem estar faltando, os recursos compartilhados podem não ser encontrados nos locais corretos e alguns aplicativos realmente procuram uma referência codificada para o caminho da pasta c: \ program.
Eu recomendaria não alterar o caminho de instalação da maioria dos aplicativos apenas por causa deste problema.
Para alterar a localização dos "meus documentos", convém ler este artigo . O Windows Vista funciona da mesma maneira que o Windows 7, portanto, alterar a pasta 'meus documentos' não deve ser um problema. Uma coisa a ter em mente é que o Windows 7 não considera mais pastas para serem pastas. Eles agora são bibliotecas e podem, na verdade, estar localizados em qualquer lugar de uma máquina e são virtualmente agrupados sob a pasta 'documents' no Windows 7.
Espero que ajude alguns.