O mais provável é que não tenha ficado bloqueado, mas estava a analisar a (s) sua (s) unidade (s) em busca de malware.
Isso é o que o MRT.exe faz, é a Ferramenta de Remoção de Software Mal-Intencionado atualizada mensalmente da Microsoft.
Se você não se importar em permitir que ele verifique se há malwares no seu sistema, vá em frente e cancele-o.