Os arquivos de manifesto contêm configurações para o Windows sobre como manipular o módulo na inicialização. Como você já descobriu, ele pode ser incorporado no próprio módulo ou ficar de fora como um arquivo * .manifest. Normalmente o embutido tem prioridade para que o externo não conte se o módulo já tiver um incorporado. A configuração do registro altera esse comportamento para contar os externos primeiro.
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Não acredito que a priorização dos manifestos externos diminua o desempenho do sistema. A maioria dos processos será executada normalmente após a verificação de que não há um externo. Mesmo se houver, os arquivos de manifesto são pequenos arquivos xml, para que não demorem muito para serem processados.
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Houve alguns casos como você disse. Exemplo: link Portanto, por questões de segurança, acho mais seguro não priorizar os manifestos externos, mesmo que não haja problemas contínuos no Windows.
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O artigo dizia que o mesmo objetivo foi alcançado com o Registro no passado. Agora é diferente porque os módulos podem ter manifestos internos. Além disso, os manifestos não podem ser usados como virtualização de registro genérica.
Na verdade, existe uma maneira de modificar o manifesto "interno". Este artigo ilustra como fazer isso por sua conta e risco. link
Eu testei esse truque com um aplicativo desenvolvido por mim e funcionou bem. Observe que você deve começar com "modo de desenvolvedor" para salvar o exe, remover o manifesto existente e, em seguida, adicionar novamente um novo manifesto. Para não mencionar, não esqueça de fazer o backup do original.
Se esse truque funcionar para você, isso será muito melhor do que mudar a prioridade. No entanto - aplicativos comerciais podem não funcionar, pois isso quebra as assinaturas digitais e pode causar conflitos nas proteções, se houver. Se não funcionar, o melhor caminho deve ser pedir ao desenvolvedor original para alterar os manifestos internos para versões mais recentes do Windows ou para encontrar versões mais recentes de software que possam ter corrigido o problema original.