O problema é este:
uid=1000
Esse bit significa que o usuário que contatou o Upstart para executar a ação de início tem o uid 1000 (não root, root é 0). Esse uid geralmente é atribuído ao primeiro usuário que não é do sistema. Algo deve estar gravemente errado com o uso do sudo, ou sudo, porque o comando não está escalando adequadamente para o root.
Você pode ver o mesmo erro com este comando, para comparação (observe a ausência de sudo):
start --system mysql