Aqui está uma solução melhor para o seu problema se você realmente precisar que ele seja um .app bundle:
No seu script Converter.app/Contents/MacOS/Converter , inicie seu script Python com o comando "open":
open $(dirname "$0")/../Resources/Converter.py
(Eu fiz um truque de caminho relativo acima, então você não está codificando um caminho absoluto que quebraria se você movesse seu .app por aí).
Certifique-se de que seu script Resources/Converter.py tenha um shebang em Python na parte superior:
#!/usr/bin/python
Certifique-se de que MacOS/Converter e Resources/Converter.py estejam marcados como executáveis (use chmod a+x filename neles).
Eu testei essa configuração e o comando open concluiu com êxito que um arquivo .py deve ser aberto no Terminal sem que eu faça nada. Eu não acho que eu associei anteriormente .py arquivos com o Terminal.app antes neste sistema, então eu acho que essas instruções não precisariam de nenhuma outra etapa, mesmo em um sistema limpo.