Eu tive o mesmo "problema". Conseguido resolvê-lo para o Chrome, procurando pelo Firefox. Na pasta do Chrome (onde o chrome.exe está localizado), há um arquivo visualelementsmanifest.xml. Sua finalidade é personalizar a aparência dos blocos da tela inicial desde o Windows 8 dias. É criado por padrão pelo instalador do Chrome. Por alguma razão, 10240 foi ignorá-lo, agora 10586 está carregando e especifica uma cor cinza - # 323232. Exclua o arquivo. Pode levar algum tempo para o bloco atualizar, desfazer e repintar, etc. Na verdade, a melhor opção é alterar o ícone do atalho para outra coisa, em vez de reverter para o padrão.
Quanto ao Firefox - não tenho certeza - não há tal arquivo para ele, então ainda não sei o que está causando a cor acinzentada personalizada.