Um arquivo AAC "bruto" não contém informações sobre o conteúdo do arquivo. Quando você ativa todas as informações de depuração, você pode ver que o tempo é medido dependendo da taxa de bits ao importar arquivos aac:
[aac @ 0xa82ba40] Estimating duration from bitrate, this may be inaccurate
Mas, quando você empacota seu arquivo aac em, e. um contêiner MPEG-4, todos os conteúdos desejados são armazenados no contêiner. Tente codificar seu arquivo de áudio flac para aac e transformá-lo em um contêiner .m4a usando esses parâmetros e ver o que acontece se você importar o arquivo .m4a novamente:
ffmpeg -i foo.flac -t 00:02:52.48 -c:a aac -strict -2 bar.m4a