Eu usei o Total Commander. Ele foi capaz de copiar o 1.6TB de arquivos que o Windows Explorer não poderia manipular, e copiou os arquivos "por conta própria" em vez de apenas pedir ao Windows Explorer para copiá-los.
Eu vi o TeraCopy em ação e suspeito que ele teria sido um bom candidato também, já que ele faz suas próprias operações de arquivo.
Embora eu esteja certamente aberto para usar a linha de comando, não creio que haja qualquer evidência de que o problema esteja diretamente relacionado à utilização ou não de uma GUI.
Eu defini isso como a "resposta" porque é isso que eu usei, sinta-se à vontade para invocar qualquer resposta que nomeie um programa que você sabe fazer suas próprias operações de arquivo.