Desempenho
A criptografia de disco levará a uma redução de desempenho pequena, mas mensurável, já que o computador precisa executar uma etapa adicional durante o acesso ao disco. No entanto, o gargalo em um sistema com especificações como a sua será quase sempre o próprio disco e não a capacidade de processamento necessária para criptografia ou descriptografia.
Se você criptografar menos dados (por exemplo, apenas o diretório base em vez de todo o sistema), a diferença de desempenho será menor por motivos óbvios. Isso se aplica somente se você usar o mesmo esquema de criptografia em ambas as instâncias! A criptografia do diretório inicial oferecida pelo Ubuntu usará o eCryptfs ao contrário do dm-crypt para criptografia completa do disco. O primeiro é conhecido por ser mais lento que o segundo, mas oferece mais flexibilidade (ou seja, criptografar apenas um subconjunto de arquivos em um sistema de arquivos e com chaves diferentes, por exemplo, para usuários diferentes).
Principais problemas
Você perderá todos os arquivos criptografados se perder a chave ou a senha (por exemplo, por esquecimento, falha parcial do disco ou erro durante o reparticionamento). Portanto, é muito importante fazer backup do arquivo de chaves e manter uma anotação com a senha em um ou (melhor ainda) em lugares mais seguros. O arquivo de chave não é o mesmo que a senha e nenhum deles pode substituir o outro. (Na verdade, a senha é usada para descriptografar a chave necessária para descriptografar os dados.)