Eu não diria que é correto.
O EFS não é realmente algo que você precisa ativar ou desativar globalmente - são os arquivos individuais que podem ser marcados como "criptografados" ou não. Os arquivos recém-criados são criptografados somente se sua pasta pai tiver a criptografia ativada.
Mas se você desabilitar o serviço EFS, seus arquivos não serão descriptografados magicamente - eles permanecerão criptografados e, mais importante, inacessíveis porque você acabou de desabilitar o software que poderia descriptografá-los .
Então, basta desativar a opção "Criptografado" para suas pastas e arquivos e manter o serviço como está. (Você pode usar cipher /d /s:C:\ *
para descriptografar em massa tudo em C: \.)