Não, o ffmpeg não tem suporte para MP3Gain ou AACGain no momento.
Essas ferramentas funcionam definindo metadados nos fluxos de bits reais, e o ffmpeg só pode copiar os fluxos de bits como estão ou convertê-los (com um filtro de fluxo de bits). Não tenho certeza da arquitetura do software por trás dele, mas posso imaginar que seria difícil implementar algo assim.