Certifique-se de que seus comandos automáticos estão agrupados assim:
augroup EditVim
autocmd!
autocmd BufWritePost .vimrc source $MYVIMRC
autocmd FileType vim setlocal foldmethod=marker
augroup END
Se o seu vimrc estiver sendo originado várias vezes por algum motivo e seus comandos automáticos não forem cancelados com autocmd!
, seus comandos BufEnter serão registrados novamente e novamente e o vim irá desacelerar para um rastreamento. É um dos (muitos) casos de borda no vim.
Confira este capítulo Aprenda Vimscript the Hard Way por Steve Losh para mais informações.