Essas devem ser compatíveis. Tanto quanto sei, a especificação PCI-E é compatível com versões anteriores e futuras; tudo apenas opera na velocidade / nível mais rápido suportado por ambos o host e o dispositivo; A placa simplesmente operará nas velocidades PCI-E v1.0, mas duvido que você perceba isso, dado o cenário de uso que você descreveu.
Mais pesquisas mostram que algumas placas-mães 1.0 podem não ser capazes de fornecer a maior potência que as placas PCI-E 2.1 esperam; O PCI-E Wikipedia sugere que o PCI-E v1.1 pode contornar isso com uma atualização do BIOS:PCI Express 2.1 supports a large proportion of the management, support, and troubleshooting systems planned for full implementation in PCI Express 3.0. However, the speed is the same as PCI Express 2.0. Unfortunately, the increase in power from the slot breaks backwards-compatibility between PCI Express 2.1 cards and some older motherboards with 1.0/1.0a, but most motherboards with PCI Express 1.1 connectors are provided with a BIOS update by their manufacturers through utilities to support backward compatibility of cards with PCIe 2.1.
(ênfase minha)