Se o servidor estiver executando o ssh:
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monte o site remoto localmente com
sshfs -o nonempty,sshfs_sync,compression=yes username@host:/path/archives/ /mounted/encrypted/
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Crie o sistema criptografado e monte-o (na primeira vez que você tentar montar o diretório, o encfs criará o sistema de arquivos criptografado. Ele funciona como a montagem normal):
encfs /mounted/encrypted /mounted/unencrypted
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use rsync para / mounted / unencrypted
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desmontar a criptografia
fusermount -u /mounted/unencrypted
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eventualmente, desmontar recursos remotos
umount /mounted/encrypted