Quase tudo o que está na pasta / root por padrão veio de /etc/skel Então você provavelmente poderia mover com segurança ou remover seu /root existente, criar uma nova pasta e copiar o conteúdo de /etc/skel to /root . Certifique-se de obter as permissões certas.
Esses comandos o redefiniriam para um estado próximo ao que você veria quando o sistema fosse instalado.
mv /root /root_broke
mkdir /root
rsync -va /etc/skel /root
chown -R root:root /root