Algo com o qual eu brinquei antes de chegar ao SharePoint para nossas necessidades internamente (você recebe uma licença de fundação gratuita com uma caixa do Windows SBS 2010) foi Alfresco .
Parecia muito poderoso, configurável e provavelmente atende a maioria das suas necessidades descritas no OP. Houve uma edição gratuita da comunidade de código-fonte aberto que eu baixei e configurei em um servidor linux real de linux para testes.
De memória é baseado em PHP e Java, acessado através de um navegador e também permite a integração de shell do sistema operacional. Parece que agora eles também têm um aplicativo iOS nativo (e estão recrutando atualmente para desenvolvedores Android).