I changed the location of my My Documents/Desktop etc folders via the Location tab of the directory properties
Existe o seu problema. Você inadvertidamente transferiu a pasta Menu Iniciar para a área de trabalho.
Você precisa definir o local dos itens Menu Iniciar para algum outro lugar / específico por editar manualmente sua Pastas do Shell do usuário entrada do Registro . Não há uma maneira simples de fazer isso com uma interface oficial, como na pasta Documentos.
Para o menu inicial Todos os usuários , edite a cópia no HKLM:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\User Shell Folders