CDs ao vivo gratuitos como o SytemRescueCD possuem ferramentas para clonar partições NTFS. A vantagem é que o próprio CD ao vivo executa seu próprio sistema operacional, assim você não precisa se preocupar com arquivos de sistema bloqueados e tal.
Como alternativa, você pode usar ferramentas de backup para fazer backup de toda a configuração do sistema, trocar unidades, instalar uma nova cópia do SO e restaurar o backup. Mas acho que é mais rápido apenas clonar a partição.
EDITAR:
FYI, SystemRescueCD inclui uma chamada de ferramenta FSArchiver, que aparentemente tem uma maneira de clonar partições NTFS , que é o que você quer fazer.
EDIT2:
Outra ferramenta que pode clonar partições NTFS é ntfsclone . Não tenho certeza se SystemRescueCD inclui-lo (não vejo razão para que não), mas há outro chamado RIP (recuperação possível) que faz.