A melhor maneira de clonar algo assim é um pouco para cópia de bits. Você tem outra unidade IDE para clonar?
Conecte outra unidade para clonar e inicializar em um Live CD do Linux (o Knoppix é ótimo) e veja se ele pega as duas unidades. Quando estiver no console do Live CD, você poderá verificar se as unidades foram escolhidas com um fdisk -l
.
Em caso afirmativo, use algo como dd_rescue para clonar a unidade nesse ponto.