Consegui consertar isso adicionando todos os caminhos que encontrei em meu sistema ao projeto, incluindo o caminho manualmente por meio de (click in the source of your project) > Project > Properties
Vá para o diretório raiz do seu projeto e abra o arquivo .includepath
e certifique-se de que não haja espaços à direita após os caminhos e as cotações de fechamento:
<includepathentry path="/opt/local/lib/perl5/vendor_perl/5.12.4 " />
que algumas das minhas entradas tinham mesmo que eu apenas copiei-as na GUI do Eclipse do terminal, não tem como haver um espaço à direita.
Depois de tudo isso, é claro, limpe os projetos do mesmo menu Project
.