O motivo pelo qual demora muito tempo é que o fragmento está sobrescrevendo cada bit do arquivo original e depois reescrevendo com zeros.
Uma sobrescrita única fará tudo o que você precisa (a menos que você tenha um requisito regulatório específico para múltiplas sobrescrições), portanto, verificar o tamanho do arquivo e copiar um arquivo de pelo menos um para cada um substituirá o arquivo inteiro.
Se você está precisando apenas 'apagar' o arquivo no * nix, apenas apague os inodes, e no Windows apenas apague e esvazie a lixeira, porém ambos os mecanismos permitirão que ferramentas forenses recuperem a maioria dos dados. O mesmo acontecerá se você simplesmente sobrescrever um arquivo pequeno.
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