O que mata mais transferências de unidade é o driver de disco. O Sysprep foi projetado para remover a maioria dos drivers, o que permite inicializar em um ambiente de instalação e redetectar os drivers. Como outros afirmaram, você precisa configurar o disco rígido no BIOS do novo sistema para corresponder ao seu antigo (AHCI, RAID ou IDE). Eu pegaria um disco rígido secundário e faria um clone do disco atual caso algo desse errado. Há uma tonelada de soluções de espelhamento de disco lá fora, então escolha seu sabor preferido. (Eu uso mirror do disco easyus )
A partir da sua descrição, você pode precisar reorganizar como está salvando seus dados. Se você está preocupado com a perda de dados quando uma estação de trabalho fica inativa, você está fazendo errado. Seus dados devem ser organizados de forma que sejam armazenados em locais de rede redundantes ou tenham backups automáticos em um dispositivo de armazenamento secundário. Existem centenas de esquemas de backup e uma tonelada de ferramentas para ajudar a configurar isso. O investimento de pouco tempo e hardware pode economizar uma tonelada de tempo na reconstrução de arquivos perdidos.
Por fim, você pode pensar em criar alguns scripts de instalação automatizada. A maioria dos programas vem com uma opção de instalador silencioso para tornar isso muito fácil. Embora o investimento de tempo para configurá-lo seja mais longo do que uma instalação simples, a tarefa de reinstalar é fácil. Ser capaz de reconstruir um sistema rapidamente é muito útil quando você tem uma equipe usando o mesmo software.
Comida para o pensamento, boa sorte.