Isso porque git help não executa seu man alias, mas o comando man simples. Tente definir TERMINFO , LESS , TERM e PAGER no ambiente geral, em vez de dentro do alias man .
Eu tenho páginas man coloridas, de acordo com:
alias man="TERMINFO=~/.terminfo/ LESS=C TERM=mostlike PAGER=less man"
então
man less
parece
mas git blame --help é descolorido