Você deve usar o comando Diskshadow para criar uma cópia de sombra para montá-lo temporariamente como um volume. Depois de fazer isso, você pode usar qualquer ferramenta como o winrar para fazer o backup.
A cópia de sombra se comporta como um disco virtual que representa o estado do volume no momento em que foi criado. Se você continuar a modificar arquivos, essas modificações não aparece na cópia de sombra, mas o espaço em disco ocupado por esses arquivos irá dobrar já que suas cópias antigas serão mantidas no disco até que a cópia de sombra seja excluída.
Este é um exemplo baseado na documentação da Microsoft acima à qual eu me vinculei, onde fazemos backup do disco C: e a cópia de sombra é chamada S: (que é idêntico ao C: exceto congelado no tempo). O exemplo é inteiramente teórico, como eu não testei.
diskshadow -s startshadow_script.txt
<winrar of files in S:>
diskshadow -s endshadow_script.txt
startshadow_script.txt
set context persistent nowriters
set verbose on
add volume C: alias MyBackupName
create
expose %MyBackupName% S:
endshadow_script.txt
set verbose on
delete shadows exposed S: