Resposta curta: não use mídia riscada / danificada.
Resposta longa com mais detalhes: durante a inicialização, o Windows ainda não mudou para um ambiente de vários segmentos. Se qualquer parte decidir não executar de forma assíncrona, todo o processo de inicialização irá parar até que A) o processo seja concluído ou B) o Windows decida interromper o processo. No caso de uma unidade de CD-ROM ... ela é tratada como um dispositivo como qualquer outro com um driver e, quando esse driver é carregado, a primeira coisa que ele faz é consultar o que está na unidade. Infelizmente, isso não é um processo assíncrono. A unidade de CD-ROM espera que a unidade retorne algumas informações sobre o que está dentro bloqueando todas as outras execuções de código durante o processo de inicialização. Felizmente, o Windows não consegue matá-lo (ou você acabaria com um BSOD), mas sim o motorista tem alguma logística nítida nele para parar de perguntar o que está na unidade depois de algum período de tempo. (não sei exatamente qual é a hora) Uma vez que o Windows terminou a inicialização, ele muda para um ambiente multi-threaded, razão pela qual o CD-ROM não trava toda a máquina enquanto espera que os resultados retornem.
Além disso ... antes da "Inicialização do Windows", seu BIOS pode ter algum tipo de recuperação de firmware que pode tentar & acesse seu CD-ROM que também não está rodando em um ambiente multi-thread e sofre com os mesmos problemas de tipo "aguarde o drive dizer algo".