Se você tiver acesso ao arquivo smb.conf
na máquina Linux, adicione a seguinte linha à configuração do compartilhamento de arquivos individual:
hide dot files = yes
Isso fará com que o Samba relate todos os arquivos que começam com um ponto como tendo o atributo "oculto" do Windows, para que eles não apareçam, a menos que você permita que os arquivos ocultos sejam exibidos no Windows Explorer.