Às vezes, o status das teclas Shift, Control e Alt pode ser deixado durante a alternância entre os programas que controlam o teclado (isso pode ser visto com mais frequência com a virtualização do PC por meio de aplicativos como o VirtualBox.org).
Mas a boa notícia é que a solução é muito simples:
Toque em cada tecla Shift uma vez (as teclas de deslocamento esquerda e direita são manipuladas como teclas separadas). Faça o mesmo com as teclas Alt e CTRL. Basta pressioná-los separadamente, cada um de cada vez, e então tudo deve ficar bem depois disso.