Todos os outros estão escolhendo entre FAT32 e NTFS, mas há mais uma alternativa: exFAT.
O exFAT funciona em qualquer versão do Windows mais recente que o XP e funciona no Ubuntu Linux com o pacote "exfat-fuse" (execute "sudo apt-get instalar exfat-fuse" em um terminal). Eu não tenho certeza quando o suporte veio pela primeira vez para o OS X, mas acredito que funciona em Macs
Eu também não tenho 100% de certeza de quão confiável é o exFAT no Linux, mas tenho certeza de que seus arquivos não desaparecerão ou não serão montados um dia. Este é o próximo tópico que eu pesquisaria se estivesse em sua posição.
O exFAT não possui as mesmas limitações do FAT32 para o tamanho máximo do arquivo (4GB). É também outro sistema de arquivos proprietário da Microsoft, no entanto, pode não ser implementado perfeitamente no Linux. Meu conselho é também configurar uma maneira de fazer backup de seus arquivos (talvez para o Dropbox, por exemplo)
Para ler mais sobre o exFAT, consulte aqui: link