Graças à comunidade letsencrypt Eu encontrei uma solução simples.
O erro se origina de faltando novas linhas ao final de cada site habilitado (apache).
Então você pode adicioná-los a cada arquivo em sites-enabled
ou 'sites-available' (ambos geralmente localizados em /etc/apache2/
) ou você pode usar Yanson é um forro:
for f in /etc/apache2/sites-available/*; do sed -i '$a\' "$f"; done