Soma de verificação do Corz
Melhor utilitário que usei para somas de verificação, IMO. Ele irá conferir um disco inteiro como você pede, ao contrário de outros programas incompetentes. . .
edit:
Caso você não esteja lendo os comentários, houve uma pergunta sobre a criação de um hash agregado de uma árvore de pastas inteira. Eu usei apenas dois programas de soma de verificação. MD5deep e soma de verificação de Corz. Então, o único programa que eu sei que irá criar um hash agregado de uma árvore de pastas é a soma de verificação do Corz, que está vinculada na minha resposta.