É sempre uma boa idéia fazer backup de seu computador ao fazer uma instalação do sistema operacional, seja tecnicamente necessário ou não.
Seu link mostra um menu suspenso para WUBI, então você pode instalá-lo em qualquer unidade que desejar.
O WUBI instala o Ubuntu em uma partição separada, não apenas em uma pasta. (então sim, seu disco seria particionado)
Wubi adds an entry to the Windows boot menu which allows the user to run Linux. Ubuntu is installed within a file in the Windows file system (c:\ubuntu\disks\root.disk), as opposed to being installed within its own partition. This file is seen by Linux as a real hard disk.1 Wubi also creates a swap file in the Windows file system (c:\ubuntu\disks\swap.disk), in addition to the memory of the host machine. This file is seen by Ubuntu as additional RAM.1