Quanto espaço você tem no seu disco? IIRC você pode excluir backups indo para iTunes - Preferences - Devices
Além disso, os próprios arquivos de backup são armazenados em: /Users/username/Library/Application Support/MobileSync/Backup
Você deve estar seguro para deletar os antigos que você não precisa mais, apenas mantendo aquele com o novo tempo de modificação.