Existem dois problemas aqui. gunzip pode ser usado para descompactar qualquer arquivo compactado com gzip, independentemente da extensão do arquivo.
gunzip < arquivo > arquivo de saída
Um arquivo zip (um contendo vários arquivos compactados) é incompatível com o gunzip. Para este tipo de arquivo, você precisa usar o unzip. O unzip pode descompactar qualquer arquivo zip (não o gzip), independentemente da extensão.