Usando o ImageMagick .
Primeiro, instale o imagemagick:
sudo apt-get install imagemagick
Tente converter apenas uma imagem no início:
convert image.jpg image.png
Agora converta todos:
mogrify -format png *.jpg
EDITAR
Você também precisa dividi-lo em partes que caberão para evitar atingir o limite de quanto você pode colocar em uma linha de comando. Isso deve funcionar melhor:
find -name '*.jpg' -print0 | xargs -0 -r mogrify -format png
Os -print0
e -0
são usados para manipular espaços em nomes de arquivos e o -r
significa não executar o mogrify se não houver nada a fazer.
Fonte: link
EDIT 2
Png e jpg comutados como por o comentário de @ Glutanimate.
EDIT 3
Mudou png para jpg na última sugestão.