Sim, eles vão dobrar. Veja aqui para mais detalhes sobre como impedir que isso aconteça.
A idéia básica é criar algo que só pode ser feito por um processo de cada vez, e se o cron job não puder fazê-lo, ele será encerrado. Bloquear um arquivo é a maneira comum de fazê-lo, como se um arquivo estivesse bloqueado, outro processo (ou cron job, neste caso) não pode bloquear o mesmo arquivo.