xorg.conf é o que está sendo usado, se disponível. Não é mais necessário, e é por isso que o original estava vazio; normalmente, nem está presente, mas certos scripts de instalação, como a nvidia, criarão cópias de segurança ao fazer uma alteração.
Assim, a cópia à prova de falhas é aquela que funcionará, mas com resolução e funcionalidade reduzidas. Pode ter sido criado por um instalador antigo, pois não acho que a nvidia crie isso. Mas eu não tenho mais drivers nvidia, então eu poderia estar enganado. Se você executar o script nvidia mais de uma vez, acabará com mais backups.
Se houver algum problema com o vídeo, como nenhuma interface gráfica, você pode usar um terminal para acessar o diretório e renomear os arquivos para alterar o comportamento. Em teoria, você pode renomear xorg.conf para xorg.conf.1, ou qualquer outra coisa que você queira, e então copiar a versão à prova de falhas para xorg.conf.
Há algumas boas informações no askubuntu, como isto: