Isso não deve ser um problema. Quando você coloca seu computador para dormir, essencialmente apenas a RAM e um pouco de circuitos para ativar o laptop são deixados ligados. Você notará que o ventilador também se apaga porque quase não há calor sendo gerado quando a CPU, a GPU e o disco rígido são desligados.
No Windows e no OS X, o comportamento padrão é geralmente suspender o computador quando a tampa é fechada. Se não fosse seguro carregar um laptop em uma bolsa no modo de suspensão, isso não seria o padrão.