Criando usuários: isso certamente pode ser automatizado. O comando NET USER é uma opção, ou se você preferir uma API, NetUserAdd.
Instalando o software: isso depende do software. Qualquer coisa empacotada como um MSI pode ser facilmente instalada por meio do comando msiexec. Alguns instaladores não-MSI têm seu próprio suporte de modo silencioso. Outra opção é fazer o script do instalador usando mensagens do Windows; Eu tenho algum código que pode ajudar com isso, mas é uma abordagem estranha, então é melhor deixar como último recurso.
Modificando a aparência da área de trabalho: algumas configurações podem ser alteradas, modificando o registro. Observar as configurações da política de grupo geralmente é um bom começo. Isso realmente depende exatamente do que você quer mudar.
"habilitando e desabilitando coisas do sistema": depende. Você precisará ser muito mais específico.